1894 übernahm Adolf Furtwängler den Münchner Lehrstuhl für Klassische Archäologie und den Direktorenposten des Abgussmuseums. Furtwängler bezog die Sammlung ganz praktisch in sein wissen-schaft liches Arbeiten mit ein und gab ihr dadurch einen eigenen Schwerpunkt.

Der Fokus seiner Forschung lag in der Kopienkritik und der Rekonstruktion verlorener griechischer Idealplastik. Dies war für ihn die Meisterdisziplin und basierte auf Brunns ›archäologischer Sehschule‹. Viele wichtige Rekonstruktionen sind unter ihm entstanden: Athena Lemnia, Doryphoros, Diskobol und weitere. Diesen Bildwerken widmete er eigene Säle im Museum.

Furtwängler war wohl einer der berühmtesten Archäologen überhaupt und war bestens vernetzt, auch im Münchner Bürgertum, wodurch er die Erweiterung der Sammlung vorantreiben konnte. Die Raumsituation wurde allerdings dramatischer: Immer mehr Abgüsse standen beengt in den Museumsräumen.